Nová databáze pro identifikaci neznámých funkcí rostlinných genů
Výzkumníci pro svoji databázi využili šesti reprezentativních zástupců rostlin, a to huseníček (Arabidopsis thaliana), sóju (Glycine max), topol (Populus trichocarpa), rýži (Oryza sativa), mech (Physcomitrella patens) a řasu (Cyanidioschyzon merolae). S pomocí těchto rostlin vytvořili počítačový model, který predikuje fyzikálně chemické a strukturální vlastnosti proteinů obsažených v genomu. Tyto vlastnosti byly dále analyzovány s ohledem na funkci proteinů, což následně vedlo k rozpoznání určitých funkčních oblastí v proteinu.
Celkem se podařilo z těchto šesti rostlin identifikovat cca 52.000 funkčních oblastí proteinů, které se staly základem pro novou databázi nazvanou Plant Protein Annotation Suite, zkráceně Plant-PrAs. Tato databáze je nositelem unikátních a obsáhlých informací o rostlinném proteomu, a lze v ní vyhledávat i čerpat (stahovat) potřebná data. Databáze je volně dostupná na internetových stránkách: http://plant-pras.riken.jp/.
Zdroje: http://www.riken.jp/en/research/rikenresearch/highlights/7948/
http://pcp.oxfordjournals.org/content/56/1/e11
Vydáno: 12.3.2015
Autor: Biotrin